Bootstrapといったサードパーティライブラリを使うことは出来ますか？

はい、可能です。
プロジェクトを作成する際に"UI framework"で選択ができるようになっております。

なお、 UI framework で選べるのは現在 jQuery Mobile と Bootstrap のみですが、
それ以外をご希望、またはプロジェクト作成後に使用したいという場合には、
各フレームワークのガイドに従ってダウンロードしたものを、
flamingoのファイルマネージャーにアップロードして使用してください。